La arqueología ha sido una disciplina atendida desde los inicios por la administración provincial. La creación del Servicio de Investigación Prehistórica y las primeras excavaciones fueron el embrión de la colección de piezas y de la creación del Museo en el año 1927. Se establecen convenios singulares directos con yacimientos de especial interés: la Bastida de les Alcusses (Moixent), el Puntal dels Llops (Olocau) y València la Vella (Riba-roja de Túria). Estos tienen una singularidad y un valor específicos, avalados por las recomendaciones de los especialistas del museo. Además, para los yacimientos de época ibera se establece un programa específico de intervención y visibilización denominado Ruta dels Ibers.